R 使用GPU運算

測試環境：
作業系統：Ubuntu 11.04
顯示卡：GeForce 9800 GT


事前準備：
1、確認顯示卡是否支援 NVIDIA CUDA，參考：NVIDIA網站
2、安裝顯示卡驅動程式（系統->管理->額外驅動程式->安裝NVIDIA驅動程式）




步驟一：增加 CUDA 4.0 來源庫
sudo add-apt-repository ppa:aaron-haviland/cuda-4.0

步驟二：更新一下
sudo apt-get update
sudo apt-get upgrade

步驟三：安裝套件（選擇 64-bit 或 32-bit）
64-bit：
sudo apt-get install nvidia-cuda-gdb nvidia-cuda-toolkit nvidia-compute-profiler libnpp4 nvidia-cuda-doc libcudart4 libcublas4 libcufft4 libcusparse4 libcurand4 nvidia-current nvidia-opencl-dev nvidia-current-dev nvidia-cuda-dev opencl-headers

32-bit：
sudo apt-get install nvidia-cuda-gdb nvidia-cuda-toolkit nvidia-compute-profiler lib32npp4 nvidia-cuda-doc lib32cudart4 lib32cublas4 lib32cufft4 lib32cusparse4 lib32curand4 nvidia-current nvidia-opencl-dev nvidia-current-dev nvidia-cuda-dev opencl-headers

步驟四：安裝與設定 GCC 編譯器（CUDA 4.0 只支援到 GCC 4.4）
sudo apt-get install gcc-4.4 g++-4.4
sudo update-alternatives --install /usr/bin/gcc gcc /usr/bin/gcc-4.5 150
sudo update-alternatives --install /usr/bin/gcc gcc /usr/bin/gcc-4.4 100
sudo update-alternatives --install /usr/bin/g++ g++ /usr/bin/g++-4.5 150
sudo update-alternatives --install /usr/bin/g++ g++ /usr/bin/g++-4.4 100

（選擇 4.4 版的 GCC 和 G++ ，按數字鍵 0 or 1 or 2 選擇後按Enter）

sudo update-alternatives --config gcc
sudo update-alternatives --config g++

步驟五：安裝 gputools 套件
（在 R 中輸入，這裡有點久，最後看到 DONE (gputools) 就表示成功了）

install.packages("gputools")

（載入套件，開始享用）

library("gputools")

最後，使用 R 學習筆記中的範例測試一下：




參考資料：

海豹雜記：Ubuntu 11.04 安裝 NVIDIA CUDA 4.0 RC2 (APRIL 2011)

R 學習筆記：R 與 GPU（CUDA）

Samiux's Blog：HOWTO : nVidia CUDA 4.0 RC on Ubuntu 11.04 Desktop